益生菌是一種活的微生物，其通過影響黏膜免疫機制、與腸道共生菌或潛在病原微生物的相互作用、產生代謝終產物（如短鏈脂肪酸）和通過化學信號傳導與宿主細胞交流等方式來影響腸道生態系統。這些作用機制可遏制潛在致病菌，改善腸道環境，增強腸道屏障功能。益生菌主要有乳桿菌屬、雙歧桿菌屬、腸球菌屬、酵母菌屬等數十種益生菌。常見菌種乳桿菌和雙歧桿菌通過在腸內發酵糖類產生乳酸、醋酸物質抑制腸內腐敗菌的生長，從而減少體內毒素的產生。
益生元的主要特點是不能被宿主所消化，通過對腸道固有益生菌的正性作用而促進宿主健康。常見已知的益生元有低聚果糖、菊粉、低聚半乳糖等，益生元作為一種非消化性的食品添加劑通過選擇性促進一種或幾種有益菌的生長, 對宿主產生有益的影響, 從而增進宿主健康。
膳食纖維是指能抗人體小腸消化吸收而能在大腸部分或全部發酵可食用植物性成分、碳水化合物及其相類似物質的總稱。攝入的食物纖維大部分不能被消化而被送入大腸中。每日攝入足量的膳食纖維會使腸道內的雙歧桿菌數量大大增加，減少腸道有害菌和病原菌的種類和數量增加。
